Ortaokulu Notre Dame de Sion'da tamamlayan Nilgün Ergüç lise eğitimine Robert College'ta devam etti. Ardından üniversite eğitimini Boğaziçi Üniversitesi Ekonomi Bölümü'nde bitirmesinin akabinde İstanbul Teknik Üniversitesi İşletme Mühendisliği'nden Yüksek Lisans derecesini aldı. Bunun yanı sıra Marmara Üniversitesi Avrupa Birliği Enstitüsü'nde hazırlanıp henüz sunulmamış olan "Avrupa Birliğinde Asimetrik Şoklar" isimli doktora tezi bulunmaktadır.
